Arp Schnitger (1648-1719) vollendete in Noordbroek 1696 eine neue Orgel mit insgesamt zwanzig Registern in Hauptwerk und Rückpositiv (Rugwerk). Das Pedal wurde hinter dem Hauptwerkgehäuse aufgestellt. Die Orgel wurde von Petrus Havingha (um 1650-1728) geprüft, dem Organisten an der Martinikirche in Groningen, der in dieser Region als Schnitgers “Agent” auftrat. Die Disposition der Schnitger-Orgel ist nicht bekannt und auch nicht mit Sicherheit zu rekonstruieren.
1752 und 1768 nahm Albertus Anthoni Hinsz (1704-1785) wesentliche Veränderungen vor. Wohl aufgrund geänderter Vorstellungen über Begleitung des Gemeindegesangs beschloss man, das Hauptwerk durch Hinzufügung einer Quintadena 16’ zu erweitern. Des Weiteren erhielt das Hauptwerk eine Vox Humana 8’ und das Rückpositiv einen Dulciaan 8’. Die Erweiterung wurde möglich, weil Hinsz wegen der fehlenden Töne in der kurzen Oktave der Schnitgerschen Windladen ohnehin neue Windladen anfertigen musste, wozu auch die Gehäuse des Hauptwerks und Rückpositivs in die Tiefe erweitert wurden.
Heinrich Hermann Freijtag (1759-1811) baute die Orgel ab 1806 tiefgreifend um, wobei er das Erscheinungsbild der Orgel drastisch veränderte. Er legte zu beiden Seiten des Schnitgerschen Gehäuses je ein doppeltes Zwischenfeld und einen Pedalturm an und verlieh der Orgel damit eine beeindruckende Wirkung in der Breite. Im Pedal veränderte Freijtag am meisten: Neu waren hier die Windladen, die Prospektpfeifen, ein Gedekt 8’ und die Posaune (Bazuin). Zugleich wurde die gesamte Windversorgung erneuert.
1855 arbeitete Petrus van Oeckelen (1792-1878) an der Orgel. Er versetzte die Quintadena um zwei Ganztöne aufwärts und machte aus ihr einen Bourdon. Darüber hinaus mussten die Octaaf 2’, die Sexquialtera und das Scharf neuen zeitüblichen Registern weichen. Schließlich brachte Van Oeckelen eine Pedalkoppel an.
1958 wurden die verloren gegangenen Register im Rückpositiv rekonstruiert, und zwar unter der Leitung des damaligen Organisten Simon Graafhuis und unter Mitarbeit von Cor Edskes. Graafhuis war von 1946 bis 1983 Organist in Noordbroek, und es war sein großes Verdienst, dass dieses wertvolle Instrument diese Zeit unbeschadet überstanden hat.
Ab 1983 lag die Orgelpflege in Händen von Winold van der Putten und Berend Veger. Die Orgel wurde in Werckmeister-III temperiert, und 1994 wurden die Pedalwindladen repariert.
Die Orgelpflege ging 2000 über auf Mense Ruiter Orgelmakers. 2001 wurden die vier Freijtagschen Bälge restauriert, und 2002 wurden die drei neuen Register (1958) des Rückpositivs umintoniert.
Die Orgel in Noordbroek ist ein einzigartiges Instrument, dass – im Gegensatz zu den meisten anderen, bedeutenden Orgeln in der Provinz Groningen – im 20. Jahrhundert keiner durchgreifenden Restaurierung unterzogen wurde.